Algoritmo para calcular la estimación de la pureza del tumor
Los algoritmos de estimación pueden estimar la fracción estromal y la fracción inmune de muestras tumorales basándose en datos de expresión para representar la presencia de células estromales e inmunes. La suma de estas dos puntuaciones da una puntuación estimada, que se puede utilizar para estimar la pureza del tumor.
El algoritmo fue publicado en NC 2065 438 03:/articles/ncomms 9971 # moem 1235. Se utilizaron cuatro métodos para calcular la pureza tumoral de las muestras TCGA, incluidas estimaciones.
Sin embargo, el documento de ayuda proporcionado por el autor solo contiene el método de cálculo de los datos del chip y no menciona cómo procesar los datos del transcriptoma. Exploré y descubrí que se puede calcular, y el autor también proporcionó algunos resultados de cálculo del proyecto TCGA en el sitio web de estimación.
Después de buscar, encontré una publicación escrita por Boss Zeng, que es una búsqueda única:
Acerca del algoritmo: /s/LiL_TZiJztUClz86a-aHWQ presenta los principios y métodos básicos del algoritmo.
Acerca del uso de paquetes R: /S/S/jtd 8 zmh 2 yycicqcbs-97 jza presentó cómo obtener tres puntuaciones y la pureza del tumor a partir de datos del chip.
Cálculo de datos del transcriptoma: /s/UehaaJZgARryH7P25v9wNQ, que presenta cómo obtener tres puntuaciones y la pureza del tumor a partir de los datos del transcriptoma.
Descubra los datos de recuento de ACC de TCGA como datos de muestra. Si desea mis datos de muestra, responda "est766" en el fondo de la cuenta oficial de Shengxin Planet WeChat. ? También puede utilizar sus propios datos de recuento. ?
Esta es una función escrita por Boss Zeng. La diferencia entre el proceso de cálculo de los datos del transcriptoma y los datos del chip es que la plataforma es Illumina.
La salida del chip affy tiene esta columna.
Comparé los métodos de 15 artículos de NC. Utilizaron datos de perfiles de RNA-Seq de nivel 3 (RSEM normalizado con RNasa QV2), calcularon puntuaciones utilizando el paquete de estimación y calcularon la pureza del tumor utilizando la fórmula del artículo 13 de NC.
La fórmula es:
Pureza del tumor = cos(0,6049872018 0,0001467884×puntuación estimada)
No olvides que el lenguaje R es una buena calculadora.
El artículo en 15 da los resultados del cálculo y reproduciré sus cálculos. Los datos RSEM normalizados de RNAseqV2 no son fáciles de encontrar. Lo encontré en el navegador de la estación de bomberos e hice algunos arreglos para convertirlo en una matriz de expresión estandarizada.
Comparé el resultado de este cálculo con el NC de 15 y son exactamente iguales. Estoy muy feliz.
Comparé los resultados de los dos tratamientos de datos en una tabla:
Casi iguales. Resultado muy perfecto.
Los resultados de salida de Illumina no tienen una columna para la pureza del tumor. Esta es la configuración del propio paquete.
Vi una discusión sobre Biostar. Algunas personas piensan que la fórmula para estimar puntuaciones para calcular la pureza del tumor se basa en los datos del chip de Affymetrix y se usa específicamente para datos de chip, por lo que no se puede usar para transcriptomas. Se recomienda calcular sólo la puntuación estimada y utilizar esta puntuación en lugar del valor absoluto de pureza del tumor para análisis posteriores.
Vea la discusión original: https://www.biostars.org/p/279853/.
Pero este artículo fue publicado en NC 15 y nadie se opuso a él por cinco años. Puedes pensar que todos los demás lo han hecho, así que úsalo.