Asignación del 2 de enero de 2020: La diferencia entre PCA y la agrupación de mapas de calor

Siga el tutorial para obtener y verificar los datos:

El tutorial menciona:

El autor original utilizó RPM para estandarizar los datos y realizar cribado preliminar.

Primero, utilice los datos del autor para realizar PCA y termograma para ver si la agrupación es razonable.

Después de obtener los datos, miré los resultados preliminares y descubrí que las diferencias dentro de los grupos eran obvias.

Regrese y observe la introducción de estas 12 muestras:

Esto significa que el autor expuso el hígado al agente tóxico TAA durante 24 y 48 horas, y luego lo purificó de forma salvaje. escriba hepatocitos y hepatocitos paracancerosos respectivamente y luego realice RNA-seq. Como puede verse en la figura anterior, la heterogeneidad de las tres muestras en el grupo de tumores es relativamente grande y el grupo de control es desigual. Los resultados del grupo de exposición a TAA después de 24 y 48 horas de intervención aumentaron en comparación con el grupo de control, y el aumento en el grupo de intervención de 48 horas fue más obvio.

Los siguientes son PCA y mapas de calor:

Aunque no hay ninguna anomalía obvia en la agrupación del gráfico de PCA, se puede ver en el mapa de calor que se puede dividir en dos matrices para comparar. Bastante interesante. Generalmente, las muestras de intervención requieren de 4 a 6 réplicas. Este experimento sólo fue diseñado para 2 repeticiones, pero la repetibilidad es muy buena, lo cual es bastante impresionante.