2019 11 Semana 3 Tumores epiteliales del timo (TET) Histología múltiple
Células cancerosas (IF=23,9, PMID: 29438696), febrero de 2018
Diseño:
117 TET-muestras pareadas normales
Cohorte de timo TCGA
Análisis multivariado
Conclusión:
Identificación de mutaciones genéticas relacionadas con TET
TET descubiertas y miastenia gravis (MG) .
Utilizando un nuevo método, se dividieron 117 muestras en cuatro subtipos.
Los tumores epiteliales tímicos son uno de los tumores malignos más raros en adultos. Entre los TET, el timoma es el más importante y se caracteriza por una asociación única con enfermedades autoinmunes, seguido del carcinoma tímico que, aunque menos común, es más agresivo clínicamente.
A través del análisis ómico multiplataforma de 117 Tets, definimos cuatro subtipos de estos tumores, que están determinados por marcadores genómicos y su asociación con la supervivencia y subtipos histológicos de la OMS definidos por la correlación.
Demostramos además la prevalencia significativa del oncogén GTF2I mutado específico del timoma y discutimos su impacto biológico en análisis multiplataforma. Además observamos el enriquecimiento de mutaciones en HRAS, NRAS y TP53. Finalmente, identificamos una relación molecular entre el timoma y la enfermedad autoinmune miastenia gravis, que se caracteriza por la sobreexpresión de autoantígenos musculares y un aumento de la aneuploidía en los tumores.
Después de la secuenciación WES de 117 pares de muestras de tumores normales, se descartaron 1 muestra hipermutada y 16 muestras con menos mutaciones, y los 100 pares restantes de datos de muestra se utilizaron para identificar mutaciones somáticas significativas (Figura 1). .
Se identificaron cuatro genes significativamente mutados mediante el método MutSig2CV: GTF2I, HRAS, TP53 y NRAS. Entre ellos, GTF2I es el gen mutado con mayor frecuencia y también es un gen mutado TET conocido.
Los TET tuvieron la carga mutacional tumoral (TMB) promedio más baja entre los cánceres de adultos (0,48 mutaciones por megabase en promedio) en comparación con los otros 21 cánceres analizados por TCGA y solo dos cánceres infantiles. La TMB media fue menor (rabdomiosarcoma y meduloblastoma) (Figura 2).
Basándose en los resultados de agrupación de múltiples plataformas TCGA, se utilizó el método COCA mejorado para identificar diferentes subtipos moleculares de TET.
Análisis multiplataforma de GTF2I
Miastenia autoinmune
Carcinoma tímico
n=10
Resumen
Multiómicas:
Datos de SCNV, mRNA, miRNA, metilación del ADN y matriz inversa de proteínas (RPPA).
Subtipo
Análisis relacionado con el sistema inmunológico