Análisis de CNV de todo el genoma 4. Aumentar o disminuir el número de copias.

Un aumento o disminución en el número de réplicas se denominará formalmente ganancia o pérdida de número de réplicas. La correlación entre la proporción de copias y el número de copias verdaderas a menudo se ve afectada por la pureza, la ploidía y el tamaño de la población subclonal de las células tumorales. Debido a estas incertidumbres, los resultados finales de CNVkit solo proporcionan valores calculados de tasas de copia log2. Al mismo tiempo, se proporciona una variedad de métodos para calcular el valor absoluto o el aumento o disminución relativo del número de copias.

En diploide, si la pureza es del 100% y el CN ​​de la muestra homocigótica aumenta en 1, entonces la tasa de copia se convierte en 2/3. Si se calcula usando log2, es log(3/2)=. 0,585. Por el contrario, si CN disminuye en 1, la tasa de replicación pasa a ser 1/2, log2(1/2)=-1,0.

En el gráfico CNVkit (como se muestra a continuación), para evitar que el gráfico resultante esté demasiado desordenado, el umbral predeterminado es 0,5 para agregar etiquetas genéticas.

Al utilizar el comando genemétrico, debe seleccionar un umbral apropiado en función de la pureza y el múltiplo de la muestra. El número de genes se puede filtrar entre 0,1 y 0,2.

Para calcular la confiabilidad de los datos de cada segmento, puede utilizar el comando segmetircs. También puedes agregar -ci a la directiva para calcular el rango de confianza.

Finalmente, la instrucción de llamada convertirá el valor log2 en el valor absoluto de CN. Esto se puede hacer después de que se hayan determinado la pureza y la poliploidía de la muestra.

Los archivos Cns también se pueden convertir al formato BED o VCF mediante el comando de exportación. En la cama BED, el resultado en formato VCF dará el valor absoluto de CN para cada segmento. Por supuesto, antes de utilizar la exportación, es mejor establecer umbrales de llamada basados ​​en la pureza y la poliploidía.