Principio del muestreo in situ
Principios y aplicaciones de la tecnología de secuenciación in situ
Número de clics: 664 Fecha de lanzamiento: 2022-3-23 Fuente: Suzhou Alpha Biological Experimental Equipment Co., Ltd.
La secuenciación in situ (ISS) es un nuevo método mediante el cual el ARNm se secuencia directamente en secciones de tejido fijado o muestras de células. La clave del principio de la secuenciación in situ es la conexión entre la información secuenciada y su ubicación (en algunos casos, ubicación subcelular). Esto difiere de la secuenciación tradicional, que analiza muestras después de sacarlas de su entorno endógeno, perdiendo así información posicional.
La ISS, desarrollada en la Universidad de Estocolmo, puede cuantificar simultáneamente cientos de transcripciones de ARNm y resolverlas espacialmente con resolución unicelular. El método utiliza cuatro tintes fluorescentes para indicar las bases de los ácidos nucleicos, una sonda candado de ARN y una enzima que cataliza la formación de ADN circularizado en la ubicación de la sonda candado, un mecanismo conocido como amplificación del círculo rodante. El ADN fluorescente resultante se lee mediante tecnología de imágenes.
Tecnología de detección espacial
Un nuevo método de secuenciación estudiado por la Universidad de Estocolmo se llama secuenciación in situ (?HybISS?). Al igual que los métodos anteriores de la ISS, HybISS utiliza amplificación por anillo rodante de una sonda tipo candado. Además de una mayor flexibilidad y multiplexación, la secuenciación in situ de HybISS también mejora la sensibilidad de la detección espacial.
La secuenciación in situ de HybISS se puede utilizar para crear mapas de referencia espacial completos para proyectos de atlas celulares. Sin embargo, todavía lleva mucho tiempo establecer un perfil completo de expresión genética de un órgano o tejido intacto, lo cual es esencial para estudiar atlas de órganos/tejidos.
Principios y aplicaciones de la secuenciación in situ
Además de en diferentes tipos de tumores, Cartana ha utilizado esta biotecnología en al menos 12 tipos de tejidos en ratones y humanos, cuyo papel principal es reconocer. células inmunes dentro de los tejidos. Por ejemplo, si las células inmunitarias de un tumor se pueden mapear e identificar con esta tecnología, entonces se puede observar la infiltración del tumor y evaluar el alcance de la respuesta inmunitaria, lo que también es una aplicación popular.
Con objetivos específicos ISS En comparación con otros métodos, también se han desarrollado y aplicado métodos no dirigidos, como la secuenciación fluorescente in situ (?FISSEQ). Los biocientíficos han realizado muchas versiones diferentes de secuenciación unicelular in situ en desarrollo, incluido el análisis dirigido de ARN, ADN genómico, ARN viral y anticuerpos con códigos de barras contra proteínas.
Tecnología de secuenciación in situ y proteínas de unión a ARN
El Laboratorio Cold Spring Harbor ha utilizado INSTA-seq, un nuevo método que utiliza secuenciación bidireccional de extremos emparejados. Este método de secuenciación puede generar bits originales. leer códigos de barras moleculares cortos de moléculas de ADNc individuales. Después de obtener imágenes fluorescentes de células o tejidos, se utilizan códigos de barras de 12 bases para precipitar moléculas de ADNc, lo que permite el análisis de la expresión genética en imágenes con longitudes de lectura superiores a 300 bases. Este enfoque de secuenciación in situ también se puede utilizar para detectar información regulatoria en forma de huellas de proteínas de unión a ARN e incluso mapear interacciones entre ARNm y proteínas reguladoras de unión a ARN in situ con resolución subcelular.
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