¿Se pueden detectar mutaciones somáticas mediante secuenciación genética utilizando únicamente muestras de sangre?

Por lo general, hay ADN y ARN libres en las muestras de sangre y algunas mutaciones se pueden detectar mediante secuenciación de segunda generación, pero la detección es incompleta. Las mutaciones se pueden dividir en mutaciones reproductivas (mutaciones cromosómicas hereditarias de los padres que se transmiten a la descendencia) y mutaciones somáticas (cambios durante el crecimiento). Las mutaciones son detectables pero indistinguibles. Actualmente existen algunos algoritmos biométricos que se pueden analizar, pero normalmente requieren la comparación de múltiples muestras con bases de datos públicas y la precisión no es muy alta.

Actualmente, la detección de mutaciones del ADN tumoral circulante en biopsias líquidas de tumores utiliza tecnología de secuenciación de segunda generación para detectar mutaciones de células tumorales somáticas en sangre periférica. El principio es que una gran cantidad de células morirán en el tejido tumoral y los fragmentos de ADN de las células muertas entrarán en la sangre. Al detectar este ADN libre de células en sangre periférica, se pueden detectar mutaciones genéticas en el ADN libre de células tumorales. En general, también se puede detectar en paralelo la variación genética (variación de la línea germinal) en los leucocitos de sangre periférica. La comparación y el análisis de los dos resultados pueden distinguir las mutaciones somáticas de las mutaciones de la línea germinal.

Sin embargo, este tipo de pruebas también tiene limitaciones. Por ejemplo, las células apoptóticas en algunos órganos o tejidos (como la mama) tienen dificultades para ingresar al torrente sanguíneo, lo que dificulta la detección de mutaciones somáticas en estos órganos o tejidos a través de la sangre. Otro ejemplo es que una gran cantidad de ctDNA ingresa a la sangre. Requiere una mayor profundidad de secuencia (por ejemplo, 10000X o superior). Al mismo tiempo, es necesario eliminar el ruido de fondo, agregar etiquetas UMI, eliminar errores introducidos durante el proceso de construcción de la biblioteca y mejorar la sensibilidad y especificidad de la detección de mutaciones sin control, detección de leucocitos en sangre periférica y hematopoyesis clonal en la sangre (; que ocurre con la edad) conducirá a una gran cantidad de mutaciones falsas positivas.

Una forma de detectar mutaciones somáticas es comparar muestras de tejido con muestras de sangre. Las muestras de sangre se pueden utilizar como muestras normales. De forma predeterminada, las mutaciones de la línea germinal se detectan en la sangre y las mutaciones detectadas en muestras de tejido se restan de la sangre. Las mutaciones detectadas se restaron de sitios en bases de datos públicas y algoritmos que se parecían más a mutaciones de la línea germinal para obtener mutaciones somáticas. Cabe decir que la fiabilidad del uso de muestras de tejido para encontrar mutaciones somáticas no es muy alta.