Aislamiento unicelular, esas cosas
Si el transcriptoma nuclear representa el transcriptoma de la célula completa y si los genes encontrados en snRNA-seq son más o menos relevantes para el estudio específico. Varios estudios que comparan la secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) y scRNA-seq han demostrado que esta transcripción se expresa en la misma medida en toda la célula y en el núcleo.
Con el rápido desarrollo de la tecnología de secuenciación de ARN unicelular, las personas tienen una comprensión más profunda de los tipos de células y los estados especiales de los tejidos. Sin embargo, scRNA-seq tiene altos requisitos en cuanto a la viabilidad celular y el número de células de las suspensiones celulares preparadas a partir de órganos o tejidos sólidos, lo que también significa que una gran cantidad de valiosas muestras clínicas (tejido cerebral, tejido tumoral, etc.) se encuentran en condiciones ultrabajas. La secuenciación de scRNA de refrigeradores de temperatura no se puede realizar aquí. La aparición de la tecnología de secuenciación de ARN nuclear unicelular (snRNA-seq) ha resuelto en gran medida los problemas anteriores.
Aunque el material genético del núcleo es generalmente representativo de toda la célula, existen algunas diferencias en los tipos y proporciones de ARN en el citoplasma y el núcleo. El ARN se transcribe primero en el núcleo, donde se acumula hasta un estado estacionario. En el citoplasma, el ARNm alcanza diferentes niveles homeostáticos según su tasa de nucleación y diferentes destinos, incluido el transporte a ubicaciones subcelulares específicas, la traducción de ribosomas, la degradación de pequeños ARN, etc. Los investigadores descubrieron que el ARN nuclear contiene una gran cantidad de secuencias no codificantes, incluido un 41% de secuencias intergénicas y un 25% de secuencias intrónicas. Al mismo tiempo, los investigadores también descubrieron que el 41,7% de las secuencias transcritas sólo existían en el núcleo. Muchos estudios han demostrado que la región intrónica de lecturas aumenta la sensibilidad de snRNA-seq y mejora la resolución de la identificación de tipos de células. Por lo tanto, es importante incluir secuencias intrónicas en el procesamiento de datos de secuenciación de ARN nuclear unicelular. A continuación, echemos un vistazo detallado a algunos casos y puntos clave de snRNA-seq para diferentes muestras de tejido.
La tecnología de secuenciación de núcleos unicelulares tiene más ventajas que la tecnología de secuenciación de ARN unicelular en términos de aplicabilidad de muestras. No se limita a muestras de tejido fresco, sino que también es adecuada para muestras congeladas. Además, la preparación de núcleos de células individuales es más simple que las suspensiones de células individuales, lo que minimiza la generación de poblaciones de células espurias inducidas por estrés enzimático y mecánico. En el análisis de datos, la secuenciación del ARN nuclear unicelular puede obtener datos sobre regiones intrónicas y regiones intergénicas, lo que permite una identificación de mayor resolución de tipos de células e información genética relativamente más rica.
Muchos profesores quieren estudiar algunas muestras especiales, como cardiomiocitos y neuronas; también hay muchos profesores que tienen preciosas muestras clínicas congeladas, pero están limitados por los estrictos requisitos de la secuenciación unicelular de las muestras: las El número de células es superior a 105. El número de células viables es superior al 90% y el diámetro de la célula es inferior a 40 μm. ¡Solo podemos suspirar por el recuento "único"!
Al mismo tiempo, existen tres problemas principales en la secuenciación unicelular debido al proceso de disociación de la muestra.
Los investigadores que secuencian células individuales encuentran los siguientes problemas:
Árbitros
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