La denominación de genes, proteínas, etc.
La parte genética es para plantas. Muchos nombres personalizados no se agregaron antes y se agregarán en el futuro. La microbiología introduce la nomenclatura de bacterias, hongos y virus tanto a nivel de especie como de población.
Los nombres de los genes, ya sean completos o abreviados, deben estar en cursiva.
Los nombres de los genes suelen reflejar la función o características del gen.
El primer gen del artículo debe estar escrito completo, y luego se puede abreviar.
El nombre completo de un gen incluye prefijo, sujeto y sufijo. El prefijo es principalmente el nombre de la especie y el sufijo refleja información como la superfamilia, familia, subfamilia y orden de los genes, como Arabidopsis expansin a 1; el prefijo y el nombre del gen se pueden abreviar, como AtEXPA1 [1, 2; ]. Este nombre completo del gen indica que el gen se originó en Arabidopsis thaliana y fue el primer gen de la primera familia de genes en tener una estructura expansina. (La familia de genes se explicará más adelante)
El cuerpo principal del nombre abreviado del gen consta de tres letras, que son acrónimos que reflejan la función o las características del gen. Tres letras son mayúsculas para el tipo salvaje y tres letras son minúsculas para el mutante.
Los sufijos de los nombres de los genes en realidad tienen diferentes significados en diferentes familias de genes, porque las diferentes familias de genes tienen diferentes tamaños y se pueden dividir en diferentes niveles. Una gran familia de genes se puede dividir en varios niveles: superfamilia de genes, familia de genes, subfamilia y gen (Figura 1). La superfamilia de genes incluye varias familias de genes con estructura de secuencia similar pero funciones diferentes. Las diferencias funcionales son el resultado de diferencias en las secuencias de aminoácidos. En comparación con la secuencia de bases, la variación de aminoácidos es más sensible. Cambiar solo una base puede causar sustitución de aminoácidos. Por lo tanto, hay situaciones en las que la diferencia de secuencia no es muy grande pero la diferencia de aminoácidos es significativa. Las familias de genes suelen incluir múltiples genes con estructura de secuencia y función similares. Si una familia de genes contiene muchos genes, se puede dividir en varios subgrupos. Suelen existir subpoblaciones entre diferentes especies, es decir, se forman por diferenciación de especies. Tienen estructuras similares y funciones diferentes a las de la subfamilia original.
Aunque existen muchos tipos de sufijos en diferentes familias de genes, todavía hay * * * características que se pueden resumir.
(1) Los diferentes niveles pueden utilizar letras romanas mayúsculas (A, B, C,...), números arábigos (1, 2, 3,...), letras romanas minúsculas (A, B , C, …), números arábigos (1, 2, 3, …). Debido a la jerarquía incierta, sólo puede aparecer un número en el nombre de un gen, y los números pueden usarse selectivamente, como AtEXPA1, que indica que el primer gen de la primera familia de genes de la serie EXP está en [1].
(2) Los genes mutantes alélicos están representados por nombres de genes con guiones y números. Por ejemplo, expA1-1 representa el gen mutante alélico de expA1.
(3) Los nombres de los productos proteicos de genes de tipo salvaje y genes mutantes son los mismos que sus respectivos nombres de genes, pero deben escribirse en una forma canónica, como EXPA o expA1-1. .
(4) La primera letra del nombre de la especie se coloca delante para indicar especies diferentes; si la primera letra del nombre del género de dos especies es la misma, se debe agregar una letra distintiva después de la primera; letra del nombre del género.
Personalidad.
(1) Algunas palabras reservadas con propósitos especiales. La p al final del nombre del gen representa un pseudogén (como ACTBP2 = actina beta pseudogén 2, que representa el segundo pseudogén de la segunda familia de genes en la serie ACT), BP representa la proteína de unión, L representa similitud y R representa Receptor o regulador, N o NH representa inhibidor [4].
(2)……
Otras personas.
(1) Denominación de fragmentos de ADN. Consta de cuatro partes. La primera parte usa d para representar el ADN; en la segunda parte, 0, 1, 2,..., 22. Este fragmento se encuentra en los cromosomas X e Y; la tercera parte muestra la complejidad de los fragmentos de ADN detectados por; la sonda, donde S representa un fragmento de ADN único, Z representa un fragmento de ADN que se repite en una sola posición en el cromosoma, y F representa un segmento de ADN que tiene secuencias homólogas en múltiples cromosomas pero cuya familia aún no se ha definido. La cuarta parte añade un número [4] para distinguir diferentes fragmentos de ADN. Por ejemplo, la etiqueta de ADN microsatélite DXS990 representa el fragmento de ADN único numerado 990 en el cromosoma x.
El nombre de la proteína es el mismo que el nombre del gen correspondiente, pero escrito ortográficamente.
No existe un estándar unificado para la denominación de los cebadores. Todos los nombres son abreviaturas o nombres comunes (como T7, pAc5-5, etc.). El nombre completo generalmente puede reflejar el punto de recocido del cebador. , incluidos los objetos de enlace, el nombre del fragmento de enlace, la posición base del sitio de enlace y otra información. Por ejemplo, el nombre completo del cebador ITS1 es nu-SSU-1787-5', y "nu-SSU" indica que el cebador se hibrida con la subunidad pequeña del ADNr nuclear. "1787" significa que la posición de la base del extremo 5' del cebador se refiere a la secuencia estándar de Saccharomyces cerevisiae Meyen ex Hansen, "5"' significa que el cebador se hibrida con la cadena codificante y "3"' significa que el ¿El cebador se hibrida con la cadena no codificante? [5].
Un vector es una molécula de ADN autorreplicante que transfiere fragmentos de ADN (genes diana) a células receptoras en tecnología de ADN recombinante de ingeniería genética. Los vectores comunes incluyen plásmidos bacterianos, bacteriófagos y virus de animales y plantas.
No existe una normativa unificada sobre la denominación de vectores y todas están formuladas por los propios investigadores. El nombre suele reflejar el tipo de portador, el número de experimento, las características y otra información. Por lo general, la primera letra del nombre del vector es "P" minúscula (con algunas excepciones, como los vectores lanzadera), como el vector plásmido pBR322, donde "P" significa vector y "BR" es el prefijo de los apellidos. de los dos investigadores Bolívar y Rogigerus, "322" es el número de experimento del vector plasmídico PUC8, "UC" significa que el vector fue construido por primera vez por académicos de la Universidad de California (1987) y "8" es el número de experimento; "YAC" en el vector pYAC son las iniciales en inglés de cromosoma artificial de levadura. El significado del nombre del vector puede consultarse en la literatura original publicada cuando se construyó el vector.
Los nombres de los sitios de las enzimas de restricción se definen uniformemente como las primeras letras del nombre de la especie encontrada por primera vez en el sitio de restricción * * * * * * * Las dos primeras letras del epitelio específico * * * * * * * *(Cepa experimental)* * * * * * *. Si hay un número de cepa experimental en el nombre, la numeración comienza desde 1 en cada cepa; si no hay un número de cepa experimental en el nombre, la numeración comienza desde el primer sitio de restricción encontrado en esa especie. Además, las primeras letras del género y las dos primeras letras de un modificador específico deben estar en cursiva y el resto son normales.
Por ejemplo, Eco RⅰI indica que este sitio se encuentra en E. coli, la cepa experimental R. Hin dⅲ 1 sitio de restricción, lo que indica que este sitio se encuentra en Haemophilus influenzae, y la cepa experimental D. Bgl El tercer sitio de restricción indica que este sitio se encuentra en Bacillus sphaeroides y el segundo sitio de restricción.
La clasificación de sistemas enzimáticos actualmente comúnmente utilizada en el mundo fue propuesta por el Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) en 1961. Inicialmente, las enzimas se dividieron en seis categorías según las propiedades de las reacciones químicas catalizadas por enzimas, representadas respectivamente por los números 1-6 (Tabla 65438
En cada categoría, según las características de los grupos o enlaces que actúan en el sustrato, se divide además en varias subcategorías, representadas por números arábigos; cada subcategoría se divide en varias subcategorías según diferentes aceptores de electrones, también expresadas por números arábigos, las enzimas en las subcategorías están numeradas a su vez por números arábigos;
A partir de esto, a cada enzima se le puede asignar un número único que consta de cuatro números arábigos, con la abreviatura EC antes del número que significa Comisión de Enzimas. Por ejemplo, el número de secuencia de la glicerol deshidrogenasa es EC 1.1.1.6, lo que indica que la glicerol deshidrogenasa es una oxidorreductasa que actúa sobre el grupo CH-OH del sustrato, utiliza NAD o NADP como aceptor de electrones y ocupa el sexto lugar en esta subcategoría.
Antes de que se anunciara la clasificación de los sistemas enzimáticos en 1961, la denominación de las enzimas era bastante confusa y a menudo se utilizaban nombres habituales, por lo que a menudo había varias enzimas y una enzima. Para cambiar esta situación, NC-IUBMB recomienda darle a cada enzima un nombre de sistema y un nombre personalizado.
El nombre del sistema debe indicar claramente las características de la enzima y la naturaleza de la reacción catalítica, por lo que el nombre del sistema consta de dos partes: el nombre del sustrato y el tipo de reacción catalítica, como por ejemplo glucosa isomerasa. Si hay dos o más sustratos, se deben indicar los nombres de todos los sustratos y los nombres de los diferentes sustratos deben estar separados por ":", como por ejemplo lactato:NAD deshidrogenasa. A menudo se puede omitir el agua si uno de los sustratos es agua, como en la acetilcolina: la acetilcolina hidrolasa del agua a menudo se escribe como acetilcolina acetil hidrolasa.
Algunos nombres comunes se basan en los sustratos sobre los que actúan las enzimas, como amilasa y proteasa. Algunos también agregan la fuente de la enzima para distinguir la misma enzima de diferentes fuentes, como la pepsina y la tripsina. Algunas se nombran según la naturaleza de la reacción catalizada por la enzima, como hidrolasa, oxidasa, reductasa, etc. Algunas enzimas reciben nombres según la naturaleza de sus reacciones de unión a bases, como la lactato deshidrogenasa y la glucosa oxidasa. El sufijo inglés de la mayoría de las enzimas es "ase", como la ligasa (Ligase) y la hidrolasa, pero hay algunas excepciones, como la pepsina (pepsin).
El Comité de Enzimología estipula que en los artículos con enzimas como tema principal, primero se debe marcar claramente el número de serie, el nombre del sistema y la fuente de la enzima, y luego se debe usar el nombre habitual o el nombre del sistema de acuerdo. a los hábitos personales.
Cabe señalar que la clasificación y denominación sistemática de las enzimas no permite distinguir diferentes isoenzimas. Para describir la isoenzima con mayor precisión, es necesario indicar el tipo de isoenzima.
La denominación de bacterias y hongos sigue las reglas generales de denominación de especies, es decir, utilizando el método binomial o trinomial latino.
Individuos de la misma bacteria/hongo de diferentes fuentes se cultivan asexualmente en el laboratorio para formar un grupo, llamado cepas diferentes.
Las bacterias (también llamadas cepas) se refieren a cultivos puros de un mismo microorganismo de diferentes fuentes. A cada cultivo puro de un microorganismo aislado de la naturaleza se le puede denominar cepa.
El nombre de la cepa se determina según las necesidades experimentales y generalmente puede representarse mediante letras y números (la mayoría de las letras representan información como el laboratorio, origen o características, y los números son números de serie).
La denominación de los virus se divide en nomenclatura común y nomenclatura binomial latina. Aunque esta nomenclatura es una nomenclatura relativamente estándar, generalmente se usan nombres comunes cuando se usan, e incluso algunos virus solo tienen nombres comunes, como el nuevo coronavirus (coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo).
La nomenclatura común puede tener varios nombres para el mismo virus, como virus del mosaico del tabaco (TMV) y virus del tabaco 1 (virus del tabaco 1 = virus del mosaico del tabaco). Para múltiples virus que se encuentran en la misma especie, esto se puede reflejar cuantitativamente, como el virus del tabaco 7. Sin embargo, en el pasado, muchos virus del mismo tipo pero con diferentes números eran en realidad cepas diferentes, lo que demuestra que la nomenclatura común alguna vez fue bastante confusa.
En particular, los virus fagos suelen utilizar nombres en clave (letras y números), como los fagos T2, T4 y T6. De hecho, los fagos también tienen nombres científicos latinos, utilizando "género" y "especie" para llamar a "cierto género de fagos" y "cierto fago" respectivamente (Figura 2) [7].
Las cepas virales son equivalentes a las cepas bacterianas. La denominación de las cepas virales suele basarse en las necesidades experimentales, la variación viral y la secuencia. Si un virus se cultiva en varias cepas, cada cepa huésped debe numerarse una por una con una combinación de letras y números. Según la mutación del virus, como el nuevo coronavirus, las principales cepas naturales se denominan α, β, δ (es decir, la rama evolutiva de AY.4), ο, etc.
, sus variantes están ordenadas por letras y números, como la cepa variante BA.2 de ο
Para nombrar el virus, consulte la respuesta de Zhihu "Vitality Cool Device" [8]:
¿Cómo se nombró este virus? -La respuesta es más genial. -Zhihu.
[1] Kende H, Bradford K, Brummel D, et al. Nomenclatura de genes y proteínas miembros de la superfamilia de expansinas [J]. 2004, 55(3): 311-314.
Niu Yanmei, Shen Wentao, Zhou Peng. Evolución y nomenclatura de la superfamilia en expansión [J] Ciencias Agrícolas de Guangdong. 2007 (08): 133-135.
Tang Zhenhua, Hu Gang. Nomenclatura de genes del citocromo P450 y regulación de la expresión genética [J].
Yang Quansheng, Yang Qisheng. Las reglas y el proceso de denominación de genes humanos [J]. Química de la vida 2000(04): 179-181.
[5] Andrea G, Paula T D. Una nomenclatura para cebadores de PCR fúngicos, tomando como ejemplo el ADNr de SSU que contiene intrones[J]. 1996, 88(5).
Yuan Qinsheng. Enzimas e ingeniería enzimática[M]. Segunda edición. Shanghai: Prensa de la Universidad de Ciencia y Tecnología del Este de China, 2012.
Feng Ye, Liu Jun, Sun Yang, et al. La última clasificación y nomenclatura de bacteriófagos [J].
[8]¿Cómo se nombran los virus? -Respuesta de Vibrant Cooler. -Zhihu.