Durante el reinado de Yu Xin
Nueve años después de su fundación (1198), el 11 de octubre, la emperatriz Niaoyu cedió el trono de Nizune a su hijo, el emperador Tsuchimikado. A partir de entonces, el emperador Gotobajoko estableció una administración palaciega para ayudar a tres generaciones de emperadores: Tsuchimikado, Shunde y Nakamiya. Reformó activamente la administración escolar y, después de la muerte de Yuan Raito en 1199, adoptó una actitud dura hacia el shogunato de Kamakura y trató de controlarlo en sus propias manos. Después de que la familia Minamoto no Yori fue depuesta, Gensenban fue nombrado "Shichao" por el emperador y nombrado shogun de tercera generación del shogunato Kamakura en un intento de expandir la influencia de la corte en el shogunato. Cuando minamoto no sanetomo sirvió como shogun, la relación entre la corte imperial y el shogunato era muy estrecha. El emperador propuso una vez la idea del "Palacio General", que consistía en convertir al príncipe en general. Sin embargo, después del asesinato de Shi Chao, la relación entre la corte imperial y el shogunato se deterioró, y el shogunato rechazó la idea de la corte imperial de un "gong shogun"
En el primer año de Chengjiu (1219 ), la guardia interna Laimo llevó a los guerreros de la región occidental a rebelarse y finalmente fue derrotado por la represión. Una razón fue que Lai Taizu intentó obligar al emperador a convertirse en general, y la otra razón fue que le pidió al emperador que emitiera un anuncio judicial para el llamado al telón. Muchos palacios como el Salón Renshou, el Salón Yiyang y el Salón Xiaoshu fueron incendiados. El emperador ordenó un impuesto a nivel nacional para reconstruir el palacio imperial, pero los países orientales bajo el shogunato de Kamakura se negaron a pagar tributo a la corte imperial. Esto provocó un fuerte deterioro en las relaciones entre la corte imperial y el shogunato.
El 65 de mayo de 438-04, el tercer año de Narikyu (65, 438 02, 265, 438 0), cuando el shogunato estaba en el poder, el emperador Goto Wakako emitió una declaración judicial y convocó a Muli y países vecinos Los guerreros atacaron el shogunato, lo que fue conocido en la historia como la Larga Rebelión. Yoshihiro Kitajima llevó a su ejército a contraatacar y el ejército imperial fue derrotado. Dos meses después, el 9 de julio, Taishi, el hijo de Kitajima Yoshi, dirigió un ejército de 6.543.809 hombres a Beijing y exilió al emperador Goto Wakako a la isla Inki, al emperador Shuntoku a la isla Sado y al emperador Totamado a la isla Tosa. Ya Cheng, el príncipe heredero del emperador Gotoba Yoko, fue exiliado, mientras que Ma Guo y Lai Ren fueron exiliados por el primero. Al mismo tiempo, depuso al emperador Zhonggong, hijo de Huang Shang de Shunde, y estableció a Maoren, hijo del príncipe Shouzhen, hermano menor de Huang Shang, como nuevo emperador, que más tarde fue el emperador Weihe. Como Emperador Éter, el Príncipe Shouzhen estaba a cargo de los asuntos de la corte imperial en la era posterior a Takakura.
El emperador Gotoba Yoko se convirtió en monje antes de ser exiliado a la isla Yinqi. El 20 de febrero del primer año de Yan Ying (1239), el emperador Gotoba Yoko murió en la isla Yinqi. En mayo del mismo año, Andeyu, Xi'an. Después de la muerte de Qin Shihuang, el hospital Hou Gaocang fue cerrado y luego su nieto, el emperador Hou Yi, ascendió al trono. En julio del tercer año de Renzhi (1242), el nombre del hospital se cambió a Hospital Gotobajoko.