Clonación de genes
Se han clonado un gran número de secuencias del gen Trichoderma mediante diferentes métodos, entre los que se incluyen la hibridación diferencial, sondas basadas en síntesis de secuencias de proteínas, sondas diseñadas a través de genes heterólogos o cebadores sintéticos diseñados en base a secuencias homólogas. , etc. Al 25 de diciembre de 2013, en la base de datos GenBank del NCBI, se podía recuperar un máximo de 23.027 registros utilizando T. como palabra clave. Después de filtrar las secuencias de andamio de la secuenciación del genoma, la mayor cantidad de registros restantes son secuencias de genes relacionados con la clasificación de Trichoderma y estudios filogenéticos, incluido el ADNr (5.8S, 18S, 28S), ITS y factor de elongación de la traducción, calmodulina, actina. tubulina, subunidad de ARN polimerasa II, ATP citrato liasa, etc.
Entre más de 1.500 otros registros de genes con funciones relativamente claras, los genes que codifican quitinasa tienen el mayor número, con 614, incluidos los genes de endoquitinasa 42 (ech42) y quitinasa 18-5 (quitinasa 18-5, chi18-5), quitinasa 18-. 13 gen (quitinasa 18-13, chi18-13), gen quitinasa 18-15 (quitinasa 18-15, chi18-15), varios genes quitinasa 18-17 (quitinasa 18-17, chi18-17), gen quitinasa 33 ( quitinasa 33, chit33), etc.; también existen 55 genes de glucanasa, tales como β-1,4-endoglucanasa (endo-1,4-beta-glucanasa), β-1,3-endoglucanasa, β-1, 6-endoglucanasa (endo-1,6-beta-glucanasa), β-1,3-exoglucanasa (beta-1,3 exoglucanasa), etc., existen 50 genes de gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (gpd); 49 genes de celobiohidrolasa (cbh); hay 30 genes de proteína quinasa, incluida la proteína quinasa activada por mitógenos (Tmk), proteína quinasa de serina/treonina (serina/treonina), etc.; , incluyendo β-1,4-endoxilanasa (endo-1,4-beta-xilanasa), regulador de xilanasa, etc.; 16 genes de proteasa que pueden estar relacionados con la formación de metabolitos secundarios, incluidos los no ribosómicos; genes de péptido sintetasa, genes de polipéptido sintetasa (policétido sintetasa), etc., 12 enzimas glucosaminidasas, incluidas enzimas N-acetil-beta-D-glucosaminidasa (N-acetil-beta-D-glucosaminidasa), enzimas exo-β-D glucosaminidasa (exobeta -D-glucosaminidasa), etc.; 13 genes de glucosidasa (glucosidasa); 12 genes de hinchada (inflada); 12 genes de nitrato reductasa (euknr); 6 genes de fitasa (fitasa), etc.
Conclusión
La adquisición de información de secuenciación del genoma de Trichoderma ha acelerado enormemente el progreso de la investigación de Trichoderma. Estas bases de material genético determinan la viabilidad y los defectos de diferentes Trichoderma y, por tanto, también determinan sus diferentes. estilos de vida. La información de la secuencia del genoma proporciona impulso para nuevas direcciones de investigación. Por ejemplo, una gran cantidad de proteínas secretadas por moléculas pequeñas, nuevos tipos de enzimas que degradan la pared celular y esas supuestas enzimas biosintéticas de metabolitos secundarios son todas nuevas direcciones de investigación que requieren genética. en los campos de la química y la fisiología. La adquisición de múltiples secuencias del genoma de Trichoderma también facilitará el intercambio de resultados de investigación entre diferentes especies. Por ejemplo, al comparar los patrones reguladores de las celulasas, como los factores de transcripción y los componentes de señalización en T. reesei, con los del biocontrol Trichoderma, se harán nuevos descubrimientos significativos para comprender los mecanismos fisiológicos de los diferentes estilos de vida de Trichoderma. Mediante el análisis de alto rendimiento del genoma, el transcriptoma y las vías metabólicas de cepas mutantes y de tipo salvaje, se identificarán nuevos genes relacionados con la degradación de la biomasa, el biocontrol y la patogenicidad humana.
Los esfuerzos futuros serán integrar estos procesos fisiológicos y mapas moleculares. Sin embargo, surgirán nuevas preguntas que eventualmente nos alejarán de la computadora y nos acercarán a la mesa de laboratorio para verificar la exactitud de muchas hipótesis.