Cómo predecir la expresión de un gen en el cáncer y tejidos adyacentes

Un buen comienzo es analizar los genes de interés en busca de mutaciones y otras anomalías. El portal de datos del ICGC ofrece varias rutas de investigación. Ingrese el nombre de un gen, el número de acceso del NCBI o el ID del gen Ensembl y haga clic en el informe del gen para encontrar las mutaciones y los cambios en el número de copias que se han encontrado en el resumen de mutaciones, así como la frecuencia de estas mutaciones en los tumores hasta la fecha. La sección COSMIC está justo debajo de la lista de mutaciones somáticas, incluidas mutaciones puntuales, una pequeña cantidad de deleciones y mutaciones de inserción.

Otro enfoque consiste en encontrar todos los genes afectados en el tumor. En el portal de datos del ICGC, los investigadores pueden encontrar todos los genes afectados haciendo clic en un gen en la búsqueda en la base de datos y luego seleccionando el tipo de tumor de interés y algunos otros parámetros, como el modo de análisis. Además, dentro del Portal de datos de TCGA, puede seleccionar la descarga masiva en el menú Descargar datos para obtener datos de mutaciones somáticas y otros tipos de datos, como el número de copias, la metilación del ADN y la expresión genética.