Cómo identificar genes a partir de la secuencia de ADN del genoma

Cómo identificar genes a partir de la secuencia de ADN del genoma

1. Utilice BLAT para comparar la EST con la secuencia del genoma y seleccionar la mejor coincidencia. 2. Descargue el archivo de anotación del genoma de la misma versión. 3. Compare las relaciones de posición del genoma en 1 y 2 y descubra las tecnologías ecológicamente racionales que no han sido anotadas por el genoma. En este momento, deberían quedar miles, la mayoría de los cuales son ARN antisentido de genes que codifican proteínas y, por supuesto, una pequeña parte son ARN no codificantes en regiones intergénicas. 4. Utilice blast para alinear la secuencia de la sonda de Affimetrix con estos ARN no codificantes. Se recomienda buscar primero los datos de la matriz de mosaicos en el tema que le interesa. Tenga en cuenta también que el ARN no codificante se analiza junto con los genes con los que puede estar relacionado, como genes cercanos o genes complementarios. Al crear microarrays, generalmente no buscamos expresión o no expresión, pero a menudo buscamos expresión diferencial. Por ejemplo, cierto ARN no codificante y sus genes cercanos se expresan específicamente en células tumorales.