Lleno de información útil | “Tecnología del año 2020”: Introducción al transcriptoma espacial

La "Tecnología de Transcriptoma Espacial" fue nombrada Tecnología del Año 2020 por Nature Methods. Se puede ver que esta tecnología tiene un gran espacio para el desarrollo. Todos sabemos que el microambiente celular siempre ha sido el foco. de varios campos de investigación, por ejemplo, la exploración del microambiente tumoral tiene un impacto importante en la aparición y progresión del tumor. Por lo tanto, la tecnología del transcriptoma espacial está cambiando la forma en que entendemos los tejidos complejos.

La secuenciación masiva de ARN es como hacer un batido. El resultado final es la expresión promedio del gen de ARNm en las células del tejido, mientras que la secuenciación del transcriptoma unicelular es como un plato de ensalada de frutas. Se puede ver claramente cada célula individual. Expresión genética de una célula. La tecnología de transcriptoma espacial es como un pastel de frutas. Puede ver la información de ubicación espacial de cada fruta.

Los tipos de muestras actualmente aceptados son los siguientes, entre otros, esta tabla:

La tecnología de transcriptoma espacial ha ayudado a muchos artículos con puntuaciones altas, incluido CNS, que utiliza tecnología de transcriptoma espacial para resolver muchos problemas de vanguardia en los campos del cáncer, la oncología, la inmunidad y la biología del desarrollo. Veamos la aplicación de la tecnología de transcriptoma espacial en combinación con literatura de alta puntuación. Puede ver la parte de explicación de la literatura en el video.

El plan de preparación de muestras resumido según la experiencia del proyecto incluye principalmente dos planes:

Plan A: el tejido se congela primero y luego se incrusta

1. Contiene inmersión anormal el recipiente de pentano en nitrógeno líquido y enfríelo previamente durante 15 minutos;

2. Limpie el tejido fresco, sumérjalo completamente en isopentano y congele rápidamente el tejido;

3. Luego coloque el bloque de tejido congelado rápidamente en la caja de inclusión, agregue OCT en hielo seco e inclúyalo hasta que el OCT se solidifique y se vuelva blanco.

Plan B: congelación e inclusión del tejido al mismo tiempo

1. Limpie el tejido fresco, colóquelo en una placa de Petri y agregue OCT a temperatura ambiente para humedecerlo completamente;

2. Coloque el tejido en la caja de inclusión y la superficie del tejido se sumerge completamente en OCT;

3. Luego transfiera la caja de inclusión a nitrógeno líquido-isopentano (no completamente sumergido ) para una congelación rápida o congélelo en hielo seco hasta que el OCT se solidifique y se vuelva blanco.

El bloque de tejido incluido en OCT y la caja de inclusión se colocan en una bolsa sellada (bolsa sellada ZIP), se etiquetan los detalles de la muestra, se envuelven en hielo seco y se envían por correo al laboratorio.

¿Se ha marcado de antemano la dirección del cuadro de incrustación?

Especifique la dirección 1 como la parte superior del bloque de incrustación.

Hay tres direcciones de sección:

a) Plano horizontal: corte desde la dirección 3 a 1 (o 1 a 3 en dirección opuesta)

b) Plano sagital: corte desde la dirección 4 a 2 (o 2 a 4 en la dirección opuesta)

c) Plano coronal: corte de la dirección 5 a 6 (o de 6 a 5 en la dirección opuesta)

Finalmente, se diseñó un caso de proyecto de transcriptoma espacial. seleccionado para compartir. Los resultados se muestran a continuación