Análisis del tipo de célula del transcriptoma espacial basado en la distancia del punto, análisis de distancia

Un artículo publicado recientemente sobre el transcriptoma espacial, "Análisis espaciotemporal del desarrollo intencional humano con resolución unicelular", menciona el análisis de las distancias entre tipos de células durante el desarrollo intestinal. Durante el desarrollo, debe haber algunos tipos de células que penetran profundamente en el interior, algunos tipos de células que giran hacia el exterior y algunos tipos de células que desaparecen lentamente a medida que los tipos de células se mueven durante el desarrollo, por lo que a veces necesitamos dicho análisis espaciotemporal para el análisis de datos. de la estructura y el desarrollo del tejido, incluido el estudio de los cambios en la distancia entre los tipos de células durante los procesos tumorales.

Este artículo es muy largo. Puedes leer más. Aquí sólo nos centramos en la determinación de la distancia espacial entre tipos de células. Vamos a solucionarlo.

1. En los portaobjetos de muestras de tejido adulto se marca la mucosa muscular y se utiliza siempre como punto de referencia. Para portaobjetos de muestras de tejido fetal, marque la serosa con una sección transversal completa en cada portaobjetos. (En portaobjetos de muestras de tejido adulto, la mucosa se marca y se utiliza como punto de referencia a través del cual pasar). El juicio de la distancia requiere una referencia. Si estudias tumores, puedes utilizar el límite entre los tumores y las células normales como punto de referencia.

En cada diapositiva, filtramos los puntos que cubrían la sección de tejido que contenían artefactos, incluidos los pliegues del tejido. También se filtraron las manchas que cubrían la parte más interna de la luz, ya que se descubrió que contenían marcadores de ARNm consistentes con células epiteliales apoptóticas, incluido un contenido mitocondrial muy alto y una complejidad de biblioteca de manchas baja. Este paso es para filtrar y eliminar manchas de baja calidad. Cabe señalar aquí que si una mancha contiene marcadores de apoptosis altos de una determinada célula, significa que las células en el área de la mancha son de mala calidad y deben eliminarse.

3. Para cada punto restante, calculamos la distancia euclidiana desde el píxel central del punto hasta el píxel etiquetado más cercano. Aquí debes prestar atención al cálculo de la distancia euclidiana. Los portaobjetos de muestras de tejido adulto se segmentaron previamente para ilustrar la orientación helicoidal del tejido. A los puntos en la mucosa adulta se les asigna un valor de distancia positivo para representar la distancia a la luz, y a los puntos en la submucosa se les asigna un valor de distancia negativo para representar la distancia desde la mucosa. Para la mucosa de referencia, a los puntos de la mucosa adulta se les asignaron valores de distancia positivos para representar la distancia a la luz, y a los puntos de la submucosa se les asignaron valores de distancia negativos para representar la distancia a la muscular de la mucosa. A los puntos en secciones de tejido fetal se les asignaron valores de distancia positivos para representar la distancia desde la luz. Debido a que la distancia entre puntos es constante de un portaobjetos a otro, esto proporciona una medición de distancia relativa comparable entre secciones de tejido. La distancia calculada puede representar relativamente la distancia entre tipos de células.

Luego se utilizaron mediciones de distancia para examinar la distribución de fracciones de tipos de células en relación con la profundidad del tejido dentro del intestino, utilizando gráficos de densidad versus distancia.

Tome la imagen como ejemplo y utilice el límite entre el área del tumor y el área normal como punto de referencia. Analicemos la distancia entre tipos de células y puntos de referencia. Por supuesto, es mejor utilizar una muestra normal como control. El juicio y la comparación de distancias son más significativos.