Rutinas de metilación
Relacionada con la metilación.
Primero puede aprender sobre la metilación:
Conceptos básicos de la metilación de 450k
Portal de procesamiento de datos del chip de metilación de 450K
Kits de herramientas de uso común para 450k chips de metilación: ChAMP, minifi, etc.
Algunos conocimientos preliminares sobre metilación
Cuantificación del grado de metilación
DMP (o DML, sitio de metilación diferencial) y regiones metiladas DMR (sitio de metilación diferencial). ¿Cómo definir DMR?
En términos generales, el DMR se calcula mediante un aumento estadístico. Puede consultar: Análisis ChAMP de datos del chip de metilación: análisis diferencial, parte 2.
En términos generales, también prestaremos atención a dos. Aspectos de información: la relación entre DMR y las islas CpG, y la relación entre DMR y genes.
La relación entre DMR y las islas CpG: Imagen de ShengXinRen
En cuanto a la relación entre DMR o DMP y los genes (el autor presta especial atención a la anotación funcional de los sitios de metilación), a Un breve resumen es el siguiente.
En general, el grado de metilación en la región promotora afecta a la transcripción genética (pero también hay informes de que la metilación en posiciones como el primer exón también está relacionada con la transcripción genética). ¿Cómo describir el grado de metilación relacionado con la transcripción de un gen?
Hay un foro que dice esto (ShengXinRen):
Algunas personas también lo resumieron de la siguiente manera:
Y esta afirmación (https://www. biostars .org/p/168142/ ):
Además, agregue un conocimiento (habilidad de "Predicción del promotor"):
Parece que no existe un estándar unificado para momento.
Puede probar varios criterios de definición usted mismo:
1. El valor promedio de los sitios de metilación dentro de 1500 pb, 2000 pb y 5000 pb aguas arriba de TSS
2 , el valor promedio de los sitios de metilación dentro de 1500 pb, 2000 pb y 5000 pb aguas arriba y aguas abajo de TSS;
3. El valor promedio de los sitios de metilación dentro de 1500 pb, 2000 pb y 5000 pb aguas arriba de TSS o 5-UTR o el primer exón Valor medio de los sitios basales.
Consideramos 5000 porque la isla CpG más el Shore en ambos lados generalmente pueden alcanzar unos 6kb. Tenga en cuenta que la 5-UTR es parte del primer exón. En ocasiones incluso se puede añadir la calificación de si se trata de una isla (u costa) CpG.
La siguiente imagen proviene de: Comprender a fondo el promotor, el exón, el intrón y la UTR.
3,4 puntos, análisis de metilación simple del cáncer intestinal. Implica principalmente análisis de diferencias, análisis de correlación y anotaciones funcionales.
Interpretación: Cómo empezar con la metilación y completar fácilmente todo el artículo sobre marcadores de pronóstico
1. Control de calidad de los datos: datos de metilación del ADN de ***485.577 loci, después del preprocesamiento de los datos y control de calidad, se retuvieron 467.971 sondas.
2. Cribado diferencial: El paquete minfi detecta DMR (regiones metiladas diferencialmente). Este paso es similar al cribado de genes diferenciales mediante RNA-Seq. Resultados: Finalmente se obtuvieron 675 regiones metiladas diferencialmente, de las cuales 654 estaban reguladas positivamente.
3. Anotación y función
3-1 Anotación de DMR: ¿Cuál es la relación entre estas regiones DMR y los genes? Utilizamos la relación entre las posiciones de estas regiones metiladas diferencialmente y las posiciones de varios elementos del gen para observar dónde se distribuyen principalmente estas regiones metiladas diferencialmente en el gen. Resultados: La mayoría de las regiones metiladas reguladas positivamente están ubicadas en el primer exón del gen, 5'UTR, TSS200, TSS150 y el cuerpo del gen, mientras que solo unas pocas UMR están ubicadas en las regiones intergénicas y 3'UTR. Regiones de metilación reguladas negativamente. El mismo fenómeno ocurre en la región base.
3-2 La relación entre DMR y las islas CpG: La relación entre las regiones metiladas diferencialmente y las islas CpG se muestra en la figura. Se puede ver que las regiones metiladas diferencialmente reguladas al alza se concentran principalmente en las islas. Región insular CpG, mientras que las regiones reguladas negativamente y metiladas diferencialmente se agrupan principalmente en regiones con baja densidad de islas CpG.
Resumen:
En este estudio, se realizó un análisis exhaustivo de los perfiles de metilación del ADN en una gran cantidad de muestras de COAD para investigar los patrones de metilación del ADN alterados presentes en COAD. La comparación de los perfiles de metilación del ADN entre muestras de COAD y muestras de tejido adyacentes reveló cambios aberrantes de metilación del ADN en muestras de COAD y condujo a la identificación de 675 DMR, incluidos 654 DMR hipermetilados y 21 hipometilados. Estos resultados son consistentes con estudios previos que muestran que la hipermetilación del ADN es una característica común del cáncer colorrectal.
Además, estos DMR se pueden utilizar para diferenciar eficazmente muestras de COAD de muestras de tejido adyacentes, lo que sugiere que los DMR pueden tener un papel patogénico en el desarrollo de COAD. El análisis genómico mostró que los DMR estaban ubicados principalmente en la región promotora (incluido el exón 1, 5'UTR y TSS) y la región del cuerpo, lo que concordaba con observaciones previas en otros tipos de cáncer. Sólo una pequeña proporción de DMR se encontró en regiones intergénicas y 3'UTR. Además, la mayoría de los DMR hipermetilados se encuentran en islas CpG, mientras que la mayoría de los DMR hipometilados no se encuentran en islas CpG ni en genes anotados.