Responder preguntas de los lectores (4): Varias preguntas sobre INFERCNV.

z: Mis muestras son lesiones tumorales primarias y metástasis en los ganglios linfáticos. Básicamente, hay docenas de células malignas en mis ganglios linfáticos. En este caso, ¿filtré demasiado en la etapa inicial o había muy pocas células tumorales malignas en los ganglios linfáticos?

h: He procesado muestras de metástasis de ganglios linfáticos antes. Hay casos en los que hay pocas células tumorales y, por supuesto, hay casos en los que hay muchas células tumorales. Puede intentar ajustar los parámetros del filtro y ver. Por ejemplo, las muestras de tumores generalmente tienen una mayor proporción de genes mitocondriales. Si al final queda muy poco, no hay nada que puedas hacer al respecto.

h: Según mi experiencia, las células epiteliales en las metástasis a los ganglios linfáticos son básicamente células tumorales. No tengo antecedentes médicos. Creo que es poco probable que los ganglios linfáticos tengan células epiteliales, por lo que sólo pueden ser células tumorales metastásicas. Además, debería haber dicho antes que ni siquiera las células tumorales tienen necesariamente CNV.

¿Puedes mostrarme las CNV en las células epiteliales de tus ganglios linfáticos?

¿CNV en células epiteliales de un solo ganglio linfático? No hice este dibujo. Hice todos los epitelios juntos y luego calculé la puntuación CNV.

h: Te sugiero que lo hagas una muestra a la vez.

z: ¿Ejecutar infercnv por separado para cada muestra?

h: Sí

z: ¿Son solo las células epiteliales o todas las células de cada muestra están funcionando juntas?

h: Ejecute únicamente células epiteliales. Durante el análisis, se utilizaron como controles células epiteliales normales de muestras normales compatibles.

z: Algunas de nuestras muestras no tienen lados cancerosos coincidentes. Son básicamente tejidos tumorales y solo tienen tres lados cancerosos coincidentes.

h: Luego utilice el cáncer de otro paciente. Si no hay coincidencia, puedes hacerlo de mala gana, lo cual es mejor que no tener ningún control.

z: ¿Puedo utilizar la misma muestra de células inmunes o muestra de fibro como referencia? Creo que algunos artículos se basan en endo y fibro.

h: Sí, hay artículos. Tendrás que probarlos todos y ver cuál es mejor según las imágenes.

z: De hecho, desde una perspectiva clínica, cuando tomamos un tumor, el epitelio de su interior puede no ser tejido normal, sino que también puede contener células epiteliales malignas.

h: Debería ser raro. Le pregunté a varios amigos estudiantes de medicina antes y me dijeron que esto rara vez es así. Dado que la muestra se tomó del tumor contiguo, no debe haber células tumorales, pero nadie puede decir que hubo alguna desviación durante el muestreo.

z: Hay una definición al lado del cáncer, que se encuentra a 2 cm del tejido tumoral. Sin embargo, en nuestra práctica clínica, el tejido normal suele obtenerse directamente de lugares lejanos.

Oh, ya veo. En sentido estricto, puede haber una infiltración de células tumorales en un radio de dos centímetros junto al cáncer. Es menos probable que el tejido normal distante contenga células tumorales.

z: La verdad es que no lo entiendo del todo. El objetivo de ejecutar la CNV por muestra debe ser descartar algún otro factor técnico, la especificidad del paciente o el efecto del lote. Sin embargo, si se utiliza como referencia el epitelio normal de otras muestras, debería ser inexacto.

h: Acabas de preguntar qué celdas elegir como referencia. De hecho, lo ideal sería seleccionar una muestra "paracancerosa" del mismo paciente. Si no, sólo puedes conformarte con la siguiente mejor opción. He realizado algunos intentos previos para seleccionar células cancerosas "adyacentes" de otros pacientes o células inmunes/estromales del mismo paciente como referencia. Mi propia experiencia es que, tomando como ejemplo las células T (no he probado con células endoteliales y fibroblastos, por lo que no puedo dar ninguna experiencia), como referencia, siempre se puede ver la amplificación o deleción de determinados segmentos cromosómicos. Este fenómeno ha ocurrido en varios pacientes y luego se descubrió que no se trataba de una CNV verdadera, sino que se comparaba con células epiteliales. Al utilizar las células del "próximo cáncer" de otros pacientes como control, se puede ignorar la especificidad del paciente. Las células epiteliales normales en diferentes pacientes deben ser similares y pueden existir efectos por lotes. Pero después del análisis real, creo que el efecto por lotes de inferCNV es muy pequeño, lo que proviene principalmente de los resultados de mi análisis (entre las celdas consultadas, algunas de las celdas ven CNV, mientras que la otra parte se comporta como celdas de referencia, casi sin CNV). ). Además, aquí hay un estudio celular que documenta la transcriptómica unicelular que devuelve reguladores de la diversidad de las células inmunitarias y los subtipos inmunitarios asociados con el pronóstico del cáncer de nasofaringe, en comparación con las células epiteliales "vecinas" de otros pacientes.

z: Más tarde descubriste que no era una CNV real. ¿Cómo juzgas esto? Parece que me he encontrado con este fenómeno antes cuando usé células T.

Luego utilicé fibroblastos y células endoteliales y descubrí que los resultados parecían ser buenos.

También imité un artículo y mezclé algunos fibroblastos y células endoteliales en el epitelio para ver cómo formaban grupos.

h: Muchos pacientes lo padecen y no coincide con una CNV conocida para este cáncer. Otra es que se sabe que algunos genes son altamente expresados ​​por las células T en esta región. Verás, esto es bueno. Si funciona, puedes hacerlo a tu manera.