Análisis de secuencia de ploidía y pureza tumoral

El contenido de ADN en las células normales debería ser relativamente estable. El contenido de ADN en las células tumorales aumentará y las células tumorales malignas mostrarán un aumento anormal de aneuploidía. La medición del contenido de ADN de las células tumorales puede reflejar directamente la capacidad de proliferación y el grado de malignidad de la población celular. La investigación del genoma tumoral normalmente requiere que la proporción de células cancerosas en las muestras de ADN tumoral sea superior al 80%, pero en la práctica a veces es difícil cumplir este requisito. Las células cancerosas de una muestra de tumor siempre se mezclan con una proporción desconocida de células normales. A la proporción de células cancerosas en una muestra de tumor la llamamos pureza tumoral, y al contenido real de células cancerosas en una muestra de tumor causado por una estructura y número cromosómicos anormales se le llama ploidía tumoral. La estimación de la pureza y la ploidía del tumor facilita el estudio de la evolución del genoma del cáncer y la heterogeneidad intratumoral.

Sequenza es un paquete de R que puede estimar de manera eficiente la pureza y la ploidía de las células tumorales, así como la generación del número de copias, la pérdida de heterocigosidad LOH y el espectro de mutación.

El principio es calcular la pureza y la ploidía en función del número de copias del genoma de la muestra tumoral y la frecuencia alélica de las mutaciones somáticas.

Para instalar, necesita instalar dos herramientas, una es un paquete R y el otro es un paquete Python para procesar datos preliminares.

Herramientas de Python:

Primero prepare tres archivos:

Tumor bam

Bam normal

Utilice aquí el la referencia es fasta, hg38.

Tres funciones:

3.2: Vista de cromosomas

Establezca verbose=T, permita que genere información detallada y vea dónde está el informe de errores.

Al ver que ChrM estaba equivocado, la respuesta oficial fue: "Desafortunadamente, hubo un problema con el cromosoma m durante el paso de extracción. Puede deberse a la falta de sitios heterocigotos".

Luego borre el chrM y vuelva a intentarlo:

Otros parámetros:

Paralelo establece el número de subprocesos paralelos.