Monitoreo de la carga tumoral por PCR digital La PCR digital cuantifica SV específicos en el ctDNA para monitorear la respuesta y la recurrencia del tratamiento tumoral.

Un equipo de científicos de la Universidad de Utrecht en los Países Bajos, el Instituto del Cáncer Erasmus en Rotterdam, Países Bajos y el Instituto del Cáncer de los Países Bajos publicaron un artículo "Optimización de la detección de variantes estructurales basada en la secuenciación de nanoporos" (2021) en la revista anual "Genomic Medicine". factor de impacto 1,117). Ants enablers "Monitoreo personalizado de enfermedades basado en ADN tumoral circulante para pacientes con cáncer" proporciona una solución de monitoreo de enfermedades personalizada, instantánea y altamente sensible, basada en la tecnología de secuenciación del genoma del cáncer de tercera generación para lograr la detección de posibles marcadores SV, y luego a través de naica? Se utilizó un sistema de PCR digital con chip de gotas para realizar la detección cuantitativa absoluta de marcadores SV en ctDNA (ADN tumoral circulante) en el plasma de pacientes con cáncer de próstata metastásico y para lograr una monitorización continua. Al monitorear los cambios en SV en tiempo real, se puede evaluar la respuesta dinámica al tratamiento tumoral.

La monitorización digital por PCR de SV específico en 4 casos muestra que los cambios dinámicos de SV están relacionados con marcadores de respuesta al tratamiento tumoral existentes, como el PSA, que pueden detectar la recurrencia antes.

Aspectos destacados de la aplicación

1.naica? El sistema de PCR digital con chip de gotas se puede utilizar para detectar biomarcadores SV específicos en el ADNtc del plasma.

2. El canal de fluorescencia de tres colores del sistema de PCR digital con chip de gotitas detecta simultáneamente tres sitios objetivo de variación estructural del SV, el tipo salvaje aguas arriba y el tipo salvaje aguas abajo.

3. La PCR digital con chip de gotas puede realizar una cuantificación absoluta de los marcadores SV en pacientes y es adecuada para monitorear la respuesta al tratamiento tumoral y la indicación temprana de recurrencia.

Diseño experimental de PCR digital de tres canales para la detección cuantitativa absoluta de SV específicos de tumores en cfDNA plasmático

A. mediante PCR digital.

Diseño y detección de cebadores y sondas para PCR digital de tres canales. Alelos ascendentes y descendentes de tipo salvaje y alelos variantes. Se diseñaron tres sondas marcadas con diferentes tintes fluorescentes para la detección específica de alelos mutantes o alelos naturales ascendentes y descendentes.

ADN tumoral circulante

ADN tumoral circulante (ctDNA): ADN libre de células (cfDNA) liberado por las células tumorales a la sangre, con un tamaño aproximado de 160-180 pb. En comparación con el ADN libre de células normal (cfDNA), el ctDNA porta alteraciones genéticas específicas del tumor (SNV, CNV, Indel, SV) que son diferentes y representan aproximadamente 0,1-1. Los estudios han demostrado que el ctDNA se correlaciona linealmente positivamente con la carga tumoral. Muchos casos informan de recurrencia del cáncer meses antes de la aparición de los síntomas clínicos en el ctDNA. A través de la biopsia líquida de ctDNA, se espera monitorear la carga tumoral, determinar la eficacia y la resistencia a los medicamentos, detectar enfermedad residual mínima y comprender la heterogeneidad tumoral y la evolución clonal.

Resultados y conclusiones

¿Utiliza naica? En el ADNcf plasmático de 4 pacientes con cáncer de próstata, se detectaron dos sitios de variantes estructurales específicas del tumor, SV-A y SV-B, al inicio y en los momentos tardíos. La frecuencia de los alelos variantes de VAF se muestra en la Figura C, y el número de copias de los alelos variantes por mililitro de plasma se muestra en la Figura D.

Frecuencias de los alelos variantes de SV-VAF de A y SV-B.

Muestra el número de copias de los alelos variantes SV-A y SV-B por mililitro de plasma en 4 pacientes con cáncer de próstata.

Se controlaron los niveles cambiantes de SV específicos en el ctDNA plasmático de 4 pacientes con cáncer de próstata, con dos SV en cada paciente, y se compararon con biomarcadores clínicos como PSA y ALP. Los resultados de la monitorización VAF de SV-A y SV-B en pacientes con Pros1 y Pros5 mostraron que estaban relacionados con la carga tumoral, y los pacientes con Pros1 y Pros4 indicaron una progresión de la enfermedad antes que el PSA. La siguiente imagen muestra los resultados de la monitorización continua de SV en el ctDNA plasmático del paciente Pros1.

VAF, tratamiento, indicadores de laboratorio (antígeno de membrana prostático específico (PSA), fosfatasa alcalina (ALP)) y progresión clínica de la enfermedad (EP) de pacientes con E.Pros1.

Cabazitaxel: El cabazitaxel, un fármaco de quimioterapia con taxanos, se utiliza principalmente para tratar el cáncer de próstata metastásico refractario a hormonas.

Perspectivas

Los autores muestran que los médicos son muy conscientes de la importancia de la monitorización dinámica de los regímenes de tratamiento del cáncer, pero carecen de herramientas efectivas para monitorear inmediatamente la respuesta al tratamiento del cáncer, por lo que, aunque los médicos Se puede detectar a tiempo que la enfermedad cambia y responde, pero ya es demasiado tarde. Este artículo propone un nuevo enfoque para superar estas limitaciones y proporcionar una solución para el seguimiento personalizado de enfermedades en tiempo real. Se monitorearon continuamente dos SV para cada paciente, lo que demuestra la utilidad clínica potencial de usar SV para cuantificar el ctDNA para monitorear la respuesta al tratamiento. Este enfoque podría mejorar la sensibilidad del seguimiento de la enfermedad, haciéndolo compatible con tratamientos más inteligentes.

Para más detalles, consulte el texto original: doi: 10.1186/s 13073-021-00899-7.

Factores que influyen en la medicina genómica: