Uso de CNV de inferencia de 2 portátiles con una sola batería
Antes de hacer inferCNV, simplemente hice un dibujo para verificar la exactitud de la agrupación de Seurat a simple vista, sin utilizar la gran cantidad de documentos significativos generados en el medio. Fue sólo entonces que saqué lo que pensé que eran células tumorales y las volví a agrupar, ¡sólo para descubrir que también había subpoblaciones de células normales en su interior! ! Esto me preocupa. Por lo tanto, todavía planeo usar CNV para definir células tumorales en lugar de simples resultados de agrupación de Seurat.
El uso de inferCNV requiere tres archivos: el archivo de información de ubicación del gen en el cromosoma, el archivo de tipo de célula y el archivo de matriz de expresión unicelular.
La primera columna del archivo de información de posición del gen en el cromosoma es el nombre del símbolo del gen, la segunda columna es el número del cromosoma y las dos últimas columnas son las posiciones inicial y final del gen. separados por pestañas. El formato es el siguiente:
La primera columna del archivo de tipo de unidad es el nombre de la unidad, y la segunda columna es la información del grupo de unidades, que puede ser un tipo de unidad determinado o un número de grupo de unidades, etc. , separados por caracteres de tabulación. El formato es el siguiente:
Como puede ver, hay 4000 baterías agotadas en el archivo de resultados 4G:
El mapa de calor final generado después de la eliminación de ruido, donde el valor es el "restante valor de expresión", puede entenderse simplemente como otra forma de valor de expresión génica.
El formato newick del mapa de árbol corresponde al "árbol" del panel de visualización del mapa de calor.
El objeto RDS incluye el siguiente contenido:
@expr.data: La matriz correspondiente al mapa de calor final. Los genes con comportamiento retenido se enumeran como células.
@count.data: Matriz de conteo original. Matriz dispersa con genes que preservan el comportamiento enumerados como células.
@gene.order: Conserva la posición del gen en el cromosoma.
@ referencia _ agrupada _ celda _ indicadores: El número de celda de referencia correspondiente al mapa de calor final.
@observación_agrupada_celda_indicadores: El número de serie de la celda de observación correspondiente al mapa de calor final.
@tumor_subgroups:?
@options:Lista de parámetros
Igual que ejecutar. final.infercnv_obj@expr.data.
?
Agrupación de unidades de observación
Matriz Cnv de celdas de referencia
Matriz Cnv de celdas de observación
/p/c01f56bf031f
/p/33fd4ca8ae00
/p/81645983cb92
/developer/article/1737241