La relación entre genes, proteínas y vías de señalización

Hace unos días, un amigo preguntó: ¿Cómo comprobar la correlación entre un gen y una determinada vía? A continuación se muestra una solución simple y factible para referencia de amigos que tienen las mismas necesidades.

Aquí asumimos que queremos ver si existe una relación entre ACE2 y la vía de señalización del ciclo celular. Para ello, nuestro primer paso debe ser indagar si existe relación entre ambos en el estudio anterior.

1. Confirmar resultados de investigaciones anteriores

Para confirmar los resultados de investigaciones anteriores, puede consultar a través de tarjetas genéticas. Las tarjetas genéticas resumen en qué vías clásicas debería participar el gen. Genecards agrega información de KEGG y otras bases de datos de acceso. Entonces, aquí básicamente podemos saber qué genes están involucrados principalmente en este gen.

Después de investigar, descubrimos que se basa en la función del propio gen y no tiene nada que ver con la vía de señalización del ciclo celular.

2. Determinar la relación entre genes y genes en las vías de señalización.

Tras la consulta anterior, encontramos que este gen no está implicado en la regulación de las vías de señalización del ciclo celular. El hecho de que este gen no esté involucrado en esta vía no significa que este gen no tenga nada que ver con los genes de la vía. Por lo tanto, examinamos si existía una relación entre este gen y los genes de la vía. Entonces, el primer paso es saber qué genes están en la vía.

2.1 Consultar genes en vías

Podemos consultar genes en una determinada vía a través de bases de datos de vías como KEGG. Aquí se recomienda otra base de datos de consulta de acceso: tarjetas de ruta (https://tarjetas de ruta. tarjetas de genes. org/). Esta base de datos pertenece a la misma organización que las tarjetas genéticas que acabamos de mencionar. Esta base de datos resume la base de datos de consultas de acceso completa de KEGG y otras bases de datos. ?

En esta base de datos, podemos ingresar Cell Cycle para obtener la ruta que cumple con las condiciones de búsqueda, y además podemos ver qué genes están en esta ruta. ?

De esta forma obtuvimos todos los genes de la vía diana.

2.2 Análisis de interacción de proteínas

Después de obtener el gen, el análisis de interacción más básico que podemos pensar es el análisis de interacción de proteínas (PPI) que presentamos antes. Podemos poner los genes obtenidos y todos los genes del gen objetivo (ACE2) en una cadena y luego podemos ver si ACE2 está relacionado con otros genes.

Después del análisis, encontramos que ACE2 solo puede interactuar con el gen CDK4 en los resultados de la minería de texto. En este caso, el resultado no es particularmente seguro. Por lo tanto, al nivel actual de interacciones entre proteínas, es posible que este gen no esté relacionado con genes relacionados con el ciclo celular. ?

2.3 ***Análisis de expresión

Lo que hacemos es fijarnos en el nivel de proteínas para ver si existen interacciones previas entre genes. Sin embargo, a nivel de ARNm, no se han examinado correlaciones específicas. En este momento utilizamos cosas como chips o RNA-seq. Mencionamos en la publicación anterior "Cómo estudiar genes individuales" que es mejor encontrar chips que hayan sido eliminados o sobreexpresados ​​en GEO. En este caso, podemos simplemente observar los genes diferenciales. Después de la investigación, descubrimos que no hay ningún chip de sobreexpresión/eliminación relacionado con ACE2.

Dado que no existe tal cosa, solo podemos usar datos relacionados con la enfermedad para extraer la expresión de los genes objetivo para el análisis de correlación y luego ver si existe una * * * relación de expresión entre estos genes. Si se trata de una investigación de tumores, puede utilizar directamente los datos de TCGA para la investigación. Si se trata de otra enfermedad, es posible que deba ir a GEO y buscar el conjunto de datos que desea. Para los datos TCGA, también existe una buena base de datos que puede obtener directamente los resultados del análisis. Por ejemplo, si queremos comprender la relación entre ACE2 y estos genes en el cáncer colorrectal, entonces podemos buscar * * * genes expresados ​​en la base de datos del cbioportal. De esta forma se pueden obtener genes con * * * relación de expresión con ACE2. ?

Debido a que hay más de 100 genes relacionados con el ciclo celular, es imposible recuperar resultados relevantes uno por uno. Entonces descargaremos todos los resultados relevantes y búsquedas virtuales en Excel. Finalmente, encontramos que existe una * * * relación de expresión entre ACE2 y 16 genes relacionados con el ciclo celular.

Escribe hasta el final

Finalmente, en nuestro ** análisis de expresión, se pueden encontrar 16 ** relaciones de expresión relacionadas con los genes diana. Sin embargo, debido a que es solo un análisis de correlación, no sabemos a quién afectan exactamente estos genes y genes diana. Solo podemos decir que se puede verificar mediante experimentos posteriores. Además, lo que estamos haciendo aquí es simplemente observar la correlación entre genes. Además, podemos evaluar si toda la ruta del ciclo celular está relacionada con genes mediante algunos algoritmos similares a GSVA. En este caso, podría ser mejor. Sin embargo, este enfoque requiere un cierto umbral. No es tan simple como lo que presentamos anteriormente. Así que aún puedes empezar a aprender de los más simples.

Declaración: Quiero contribuir.

Análisis de relación de consulta de genes en el canal de base de datos ACE2

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Remuneración

Actualización de datos internacionales y datos nacionales con más datos>< / p>

Confirmar; hacer un diagnóstico claro

Sospecha

Tratamiento

Muerte

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