Las principales desventajas de la tecnología de secuenciación de segunda generación son

La longitud de lectura es corta, el empalme es difícil y la PCR aumenta la tasa de error.

1. Longitud de lectura corta y dificultad en el empalme: el principal inconveniente de la tecnología de secuenciación de segunda generación es la longitud de lectura corta. Sólo se pueden leer fragmentos de ADN más cortos cada vez y se debe empalmar la secuencia completa.

2. La PCR aumenta la tasa de error: El proceso de amplificación por PCR introduce desviaciones y errores, afectando a la precisión de los resultados. Tiene las ventajas de alto rendimiento, bajo costo y rapidez, pero las limitaciones limitan su alcance de aplicación.