Las diferencias entre un microscopio de fluorescencia y un microscopio común son las siguientes.

La principal diferencia entre un microscopio de fluorescencia y un microscopio normal es la fuente de iluminación. Los microscopios de fluorescencia utilizan luz ultravioleta como iluminación y los microscopios comunes utilizan luz visible como fuente de iluminación.

Microscopio de fluorescencia: el microscopio de fluorescencia utiliza luz ultravioleta como fuente de luz, irradia el objeto para hacerlo fluorescente y luego observa la forma y posición del objeto bajo el microscopio. La microscopía de fluorescencia se utiliza para estudiar la absorción, el transporte, la distribución y la localización de sustancias químicas dentro de las células. Algunas sustancias de las células, como la clorofila, emitirán fluorescencia después de ser irradiadas con rayos ultravioleta; otras sustancias por sí mismas no pueden emitir fluorescencia, pero pueden emitir fluorescencia después de teñirse con tintes fluorescentes o anticuerpos fluorescentes y exponerse a los rayos ultravioleta. La microscopía de fluorescencia es una de las herramientas para estudios cualitativos y cuantitativos de estas sustancias.