El cuerpo blando del pulgón no lo protege de los depredadores ni de las enfermedades. Como resultado, los pulgones han desarrollado una variedad de defensas para protegerse. Ciertas especies de pulgones pueden interactuar con el tejido vegetal, haciendo que la planta forme agallas (una proliferación anormal de tejido vegetal) en las que los pulgones pueden vivir, protegiéndolos así de los enemigos naturales. Muchos de estos pulgones productores de agallas pueden alienar a algunos de los pulgones "soldado" defensivos que protegen la agalla. Por ejemplo, Bemisia alexandrina es un pulgón soldado con un exoesqueleto duro y piezas bucales similares a quelatos. El pulgón chino (Melaphis chinensis) produce un tipo especial de agalla. Esta bilis se utiliza para elaborar gallnut, una medicina tradicional china que se utiliza para tratar la tos, la diarrea, la disentería, los sudores nocturnos, la hemorragia intestinal y la hemorragia uterina. Además, esta agalla también es una materia prima importante para la producción de ácido tánico.
Algunos pulgones (pulgones del algodón) pueden secretar una capa de cera esponjosa para cubrir la superficie del cuerpo a modo de protección. Los pulgones de la col (Brevicoryne brassicae) pueden almacenar y liberar sustancias químicas que reaccionan violentamente y producen un fuerte olor a aceite de mostaza para ahuyentar a los depredadores. Los pulgones también pueden defenderse atacando a los pulgones con movimientos como patadas.
Generalmente se cree que el canal abdominal es un órgano que secreta melaza. Pero, de hecho, la melaza es secretada por el ano de los pulgones y la función del tubo abdominal es secretar sustancias químicas protectoras, como la cera. También hay pruebas de que, en determinadas circunstancias, la cera abdominal puede atraer a los enemigos naturales de los pulgones.