Te enseñaremos a dibujar diagramas de circos en línea: ¡fácil!
Creo que todo el mundo ha oído hablar de los diagramas de circo, pero puede que haya muy pocas personas que los hayan dibujado ellos mismos. Esto se debe principalmente a que la instalación y el uso del software son un poco problemáticos. De hecho, los diagramas de circos también se pueden dibujar online, ¡lo cual es mucho más sencillo! ¡Descubrámoslo juntos!
Hay una opción "CIRCOS ONLINE" en el extremo derecho del sitio web oficial de circos (http://circos.ca/), donde puedes dibujar algunos diagramas de circos en línea.
La interfaz después de la apertura es la siguiente:
Tome el dibujo de diagramas de circos de abundancia de especies y muestras en el análisis de diversidad microbiana como ejemplo para explicar la función de dibujo de los diagramas de circos. Esta cifra puede reflejar intuitivamente la proporción de diferentes especies en cada muestra, así como la relación de distribución de especies en diferentes grupos o muestras.
Dibujar diagrama de circos
1. Preparación de datos
Lo primero que tenemos que hacer es preparar los datos que utilizaremos para dibujar el diagrama. Los datos utilizados son. las especies en cada muestra Abundancia relativa, aquí solo se seleccionan para dibujar especies con abundancia superior a 0,01. Los datos son los siguientes (los nombres de las columnas A, B y C son muestras, los nombres de las filas Acetobacteraceae, etc. son clasificaciones de especies en el. nivel familiar):
OTUABC
Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733
Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.0004 2 6249200782749
Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988
Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.0256500300 4872960.0330226880824598
Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.05883401 4 6862225
Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856
Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203 11 0.0274388235522058
Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722
Dado que el formato de datos requerido por el sitio web es un número entero no negativo, multiplique todos los datos por 1000 (el sistema truncará automáticamente los datos después del punto decimal) y los datos de entrada serán For:
OTUABC
Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.4262 200782749
Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352 .221339584988
Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.387 0923992018
Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
Pseudomonadaceae2.132636
213538828.629560709294812.7991010016856
Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
Sphingomonadaceae257.860701 2787.113946230875618.98610815104722
2. Sorteo
Ven tan pronto como el los datos están listos Para dibujar un diagrama de circo, sólo necesita importar los datos.
La imagen generada es la siguiente:
Como puede ver, las especies y muestras en la imagen están completamente ordenadas alfabéticamente. Esperamos que las especies y muestras estén en ambas. lados respectivamente. Aquí puedes artificialmente El orden en el que se especifican. El método también es muy simple y consiste en usar números para especificar el orden en la primera fila y columna de los datos. Como sigue:
OTUOTU123
OTUOTUABC
12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
10Bacteroidaceae17.52092807693424 11395347352.221339584988
8Dysgonomonadaceae1 .8429742490513625.650030048729633.0226880824598
6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
11Lactobac illaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
coccaceae3.124728441908295.0612197612031127 .4388235522058
9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
aceae0.32949048460446717.913387252 0980.426249200782749
La primera fila especifica el orden de las muestras, mientras que la primera columna especifica por abundancia Orden de especies. Al generar imágenes, debe marcar las opciones en el cuadro rojo en la imagen a continuación (usado para ordenar); de lo contrario, se informará un error.
La nueva imagen es la siguiente:
Debido a la baja abundancia de algunas especies en la imagen, los nombres de las especies se superponen. Para resolver este problema, se puede cambiar el diseño del texto. . Entonces necesitas configurarlo.
3. Configuración de imagen
Haga clic en "configuración" para ingresar a la interfaz de configuración. Habrá muchas opciones de configuración para ajustar las imágenes.
Solo necesitas modificar dos lugares aquí. Cambia el primer cuadro rojo en la imagen de abajo a "no". Puedes ajustar el texto a un diseño vertical para evitar la superposición, pero si el nombre de la especie es demasiado; De largo, puede exceder el alcance de la imagen, por lo que debe reducir el radio del círculo, es decir, cambiar el segundo cuadro rojo a pequeño.
Después de modificar y guardar la configuración, regenera la imagen:
Bien, hoy se la presentaré aquí, ¡espero que sea útil para su investigación científica! ¡Te deseo un feliz trabajo y vida!
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