Análisis de series cuasi temporales de transcriptomas unicelulares
Crear objeto CellDataSet
Proceso estándar monolítico
Elija qué rasgo verificar según su intención biológica.
Paso uno: elegir el gen adecuado. Existen muchos métodos, como proporcionar un conjunto conocido de genes y, en este caso, seleccionar una lista de genes estadísticamente significativos.
El segundo paso: reducción de dimensionalidad. El propósito de la reducción de dimensionalidad es mostrar mejor los datos. Hay muchos métodos proporcionados en la función y las imágenes que se muestran al final de los diferentes métodos son diferentes. Entre ellos, "DDRTree" es el método predeterminado utilizado por Monocle2.
Paso 3: Ordena las células para describir la "trayectoria" del proceso biológico que están experimentando las células y calcula la posición de cada célula en la trayectoria.
Finalmente: visualización
Tenga en cuenta que la interpretación de las series pseudotemporales debe combinarse con el significado biológico.
La serie cuasi temporal se deduce en función de la genes diferenciales, lo que significa que los genes diferenciales son dinámicos, entonces podemos inferir qué genes cambian con la serie cuasi temporal
Dibuje los seis genes principales de qval.
Graficar la expresión de uno o más genes.
Los 50 genes principales que cambiaron a lo largo de la serie pseudotemporal se agruparon en un mapa de calor.
El modelado de análisis de expresión de ramas identifica genes con expresión dependiente de ramas.
Cree un mapa de calor utilizando todos los genes para mostrar la bifurcación de la expresión genética a lo largo de dos ramas.
La expresión de genes de cuasi secuencia en ambos subgrupos se detectó mediante imágenes térmicas.
Fuente de referencia
#Se ha actualizado la Sección 3#Clase abierta de celda única "Árbol de habilidades de creación" 2021 _bilibili_Bili
Agradecimiento/gratitud indicados
Me gustaría agradecer al Dr. Kian-Ming Tsang (Universidad de Macao) y a todos los miembros de su equipo de bioinformática en prácticas por compartir generosamente su experiencia y código.
Fin de la obra