Acceso inteligente a datos de secuenciación de inmunoterapia de cohortes grandes
Las células plasmáticas intratumorales predicen los resultados del bloqueo de PD-L1 en el cáncer de pulmón de células no pequeñas, según un artículo publicado en Cancer Cell en febrero de 2022. El método no es difícil, pero el concepto es muy inteligente.
El autor utilizó primero dos conjuntos de datos clínicos paralelos (cada conjunto de datos incluía pacientes con inmunoterapia y quimioterapia) para diferenciar entre pacientes con buen pronóstico y pacientes con mal pronóstico entre los pacientes con inmunoterapia y quimioterapia. Los resultados mostraron que entre los pacientes después de la inmunoterapia, los pacientes con buen pronóstico tenían una alta expresión de genes marcadores de células B, mientras que los genes relacionados con los efectos de las células T no estaban altamente expresados. Este fenómeno no existe en pacientes después de la quimioterapia. Se sugiere que los genes relacionados con las células B pueden tener el valor de predecir el grado de respuesta a la inmunoterapia.
El análisis de supervivencia de genes marcadores de células B y genes relacionados con células T efectoras encontró que la alta expresión de CD79A y CD19 tiene un mejor pronóstico en el grupo de inmunoterapia, lo que es consistente con la inferencia anterior.
A-C: Las células B se dividen en: células plasmáticas, células B del centro germinal y células B foliculares. Se utilizó un conjunto de datos públicos para explorar subpoblaciones de células B. En el estudio original, todos los pacientes no fueron tratados. El préstamo aquí se basa en dos suposiciones: en primer lugar, se supone que bajo tratamiento y en condiciones sin tratamiento, solo cambia la proporción de células, pero los tipos de células no cambian significativamente; En este artículo sólo las células B se dividen en tres tipos principales. En términos generales, los tipos principales de células no son fáciles de cambiar.
DE: el autor extrajo el conjunto/firma de genes característicos de cada subcategoría y utilizó otro conjunto de datos independiente para realizar pruebas.
El mapa de calor encontró que los tres tipos de células en realidad tienen ciertas características. ** *Relevancia expresa.
Cuantificación por inmunofluorescencia múltiple de células plasmáticas. Cada muestra tiene datos de mIF y datos de secuencia de ARN en masa. Se descubre que los resultados cuantitativos de mIF tienen una alta correlación con la puntuación de la firma, lo que ilustra aún más la firma obtenida. a partir de celdas individuales.
Después del tratamiento con atezolizumab, los niveles elevados de expresión de la firma de células plasmáticas predicen una mejor supervivencia general (SG). Utilice las firmas de tres subconjuntos de células B para agrupar a los pacientes. Solo la firma de las células plasmáticas en el grupo de inmunoterapia es T3 (1/3 superior) y T1-2 (2/3 inferiores). estar claramente separados.
Al agregar otros indicadores al modelo multivariable de Cox, incluidas firmas relacionadas con el efecto de las células T e indicadores que se sabe que predicen la respuesta a la inmunoterapia hasta cierto punto (como TMB, niveles de expresión de PDL1, etc.), los resultados muestran esa firma de células plasmáticas puede verse como un predictor independiente.
Análisis de respuestas objetivas. Se pueden obtener resultados similares. En el grupo de inmunoterapia, la firma de células plasmáticas T3 tuvo más proporciones CR/PR/SD que T1-2.
En esta parte, el autor analiza principalmente la relación espacial entre las células plasmáticas y TLS (estructura linfoide terciaria)/LA (agregación de linfocitos), y descubre que las células plasmáticas aparecerán en TLS, y las células plasmáticas también encontrado en Los Ángeles.
El efecto y pronóstico de la inmunoterapia se puede distinguir igualmente con y sin TLS/LA.
Las muestras con estas estructuras expresan altamente genes relacionados con células plasmáticas, lo que corresponde a la presencia de células plasmáticas en estas estructuras.
Lo que es muy inteligente:
Y realmente envidio la gran cohorte con datos clínicos completos de cientos o miles de personas y varios datos de secuenciación de gran tamaño