Metabolómica espacial profunda (3) | Contenido de análisis general y estrategias de limpieza de datos.

¡Hola lectores! Una nueva etapa de la metabolómica espacial: ¡se acerca una! En el último número, presentamos los métodos de procesamiento de datos de la metabolómica espacial. En este número, analizaremos el contenido de análisis y las estrategias de limpieza de datos más utilizados en la metabolómica espacial.

*El siguiente contenido está basado en el software de análisis SCILSTMLab.

Q1

¿Cuáles son los principales contenidos del análisis?

1. Análisis de conglomerados espaciales (segmentación)

La esencia del análisis de conglomerados espaciales es el mapa de calor del análisis de conglomerados espaciales. Después del algoritmo de agrupamiento, las regiones con patrones metabólicos similares se marcan con el mismo color y los cortes se clasifican de forma clara e intuitiva desde el nivel molecular. Una vez completado todo el análisis de sectores, se pueden realizar más análisis de conglomerados en las áreas de interés para descubrir áreas más exclusivas.

Ejemplos de aplicación:

2. Imágenes moleculares de metabolitos

Analizar moléculas de metabolitos individuales para obtener mapas de calor de su distribución espacial y expresión. En la figura, cuanto más rojo es el color, mayor es el nivel de expresión del metabolito y cuanto más azul es el color, menor es el nivel de expresión del metabolito.

Caso de aplicación:

Q2

¿Cómo limpiar los datos para encontrar moléculas de metabolitos clave?

1.Análisis ROC

¿SCILSTM? Lab integra algoritmos de aprendizaje automático para realizar análisis ROC basados ​​en la concentración y distribución de metabolitos en el área objetivo y generar una lista de metabolitos. Por lo general, los metabolitos apicales contribuyen significativamente a las diferencias, que pueden confirmarse mediante imágenes moleculares.

2. Espacio molecular* * *posición de metabolitos

Espacial* **el análisis de posición es un análisis de correlación espacial de metabolitos. Después de seleccionar un metabolito objetivo, realice un cálculo de correlación espacial y genere una lista de metabolitos consistentes con la tendencia de expresión espacial del metabolito objetivo, lo que puede ayudar a analizar el patrón de expresión y la red metabólica de metabolitos en la región.

3. Análisis de diferencias estadísticas y análisis bioinformático de metabolitos.

Esta parte del contenido del análisis es consistente con la metabolómica convencional. Realiza principalmente análisis estadísticos unidimensionales y multidimensionales. contenido de metabolitos, análisis de vías KEGG, análisis de correlación de expresión, termograma de grupos, clasificación de metabolitos y otros análisis. En metabolómica espacial, el objetivo del análisis es una región o segmento específico. Una vez seleccionada el área objetivo, el contenido de metabolitos en el área se integra mediante un algoritmo y se realiza el análisis posterior.